引言
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单细胞分析现在分为两大派系,R 用户和python 用户,很多分析的工具也是基于这两种语言进行开发的。我们在分析的过程中,使用不同的工具进行分析就会涉及到相应的格式转换,单细胞对象的格式一般为 seurat,AnnData,loom,SingleCellExperiment 和 h5 等等格式。这里收集一些格式转换的工具。
有一些工具是最近几个月出现的,对于 seurat V5 能够很好的支持,有些可以对空转的对象也支持,大家可以试一试。
tools
SeuratDisk
已经不维护了,也是属于老的软件了:
scfetch
格式转换是其中一个功能:
schard
anndataR
zellkonverter
scDIOR
SgsAnnData
convert2anndata
sceasy
capseuratconverter
结尾
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路漫漫其修远兮,吾将上下而求索。
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