ClusterGVis shiny 交互式 web 来了？

引言

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ClusterGVis 发布到现在已经有 3 年 多了，也是我写的第二个最受大家喜欢的 R 包，感谢大家这么久以来的支持和捧场。虽然代码写的很烂，但是最起码能完成一些事情，也是自己学习过程中的一部分收获和经历吧。然后最近花了一些时间使用 shiny 将 ClusterGVis 写成了交互式的 web 应用程序。方便那些对于代码不太熟悉的小伙伴来说可以快速入个门，出个图吧。如果大家有什么建议可以在 github 上留言哈。
其实对于写 R 包，并不是盲目的做这个事情，去显示自己多么厉害。而是在长期的科研工作中，你去发现目前有哪些生物信息学相关的科研问题没有得到解决，或者并不是那么完美，或者有些工作/流程/工具存在的短板什么的，可以借助自己和他人的力量能够在此领域共享自己的一份力量而已。我写的 R 包基本上是从这个起点出发的。个人力量毕竟有限，还是需要不断向更厉害优秀的人借鉴学习的。
github show：

ClusterGVis App

大家可以下载这个 ClusterGvis-app 仓库到本地运行 app：https://github.com/junjunlab/ClusterGvis-app

或者直接运行 shinyapp 官网的，官网服务器容易断，建议本地：https://laojunjun.shinyapps.io/clustergvis_app_v0/

简要介绍

分析流程和 R 包基本一样，输入数据可以是 表达矩阵/seurat/monocle2/monocle3，都带的有测试数据：
表达矩阵：

seurat：

monocle2：

monocle3：

确定聚类数量：

聚类：

通路富集分析：这里也支持自己长传整理好的富集结果的表格，在线富集出的结果也可以下载:

可视化：
表达趋势线图：

聚类热图：

组合图：

为了让 shiny 的 outplot 和 绘制的热图 能够匹配展示，我这里添加了控制 panel 的长度和宽度的滑块控件，这样就可以完美的调整绘制的组合图了：

如果想添加基因，在这里粘贴基于名称即可：

因为参数比较多，所以没有为所有参数设置控件，你可以自己输出自定义的参数即可，如果不记得哪些参数，这里可以查看 visCluster 的函数文档，下面可以下载图形：

单细胞的话需要上传 seurat 对象和差异 marker 基因表格，我们这里用示例数据，pareparing data 后可以直接到富集分析步骤富集分析，然后可视化：

monocle2 需要上传 celldataset 对象和差异基因表格：

你也可以在线差异分析，可以下载表格：

monocle2 的绘制差异拟时许基因热图函数的其它参数可以在这里提供：

绘制两个分支的热图：

多个分支：

右侧可以下载聚类的表格：

下载图形：

直接到visCluster可视化：

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剩下的大家自行探索。
结尾

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路漫漫其修远兮,吾将上下而求索。
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