用R语言包geneviewer可视化基因的共线性关系

https://nvelden.github.io/geneviewer/articles/geneviewer.html
这个是用来画基因簇和转录本结构的，用来展示共线性关系也非常方便
用来做共线性的函数是 GC_links()，帮助文档还挺详细的。按照帮助文档的示例数据准备自己的数据就行。
之前我画这种共线性关系都是用ggplot2和ggforce包里的geom_diagonal_wide()函数，这个函数画共线性需要自己构造数据，相对还是比较麻烦的，比如之前的推文
R语言ggplot2复现一下CELL论文中的基因共线性图
跟着Science学作图：R语言ggplot2作图展示基因组局部区域的共线性
用GC_links()来画还是响度比较简单的
一个简单的例子

data.frame(
start=c(12,50,30,1,10),
end=c(20,80,60,5,15),
cluster=c(“A”,”B”,”A”,”D”,”D”),
link=c(“geneA”,”geneA”,NA,”geneA”,NA)
) -> example.dat

GC_chart(example.dat,
start=”start”,
end=”end”,
cluster = “cluster”,
group=”cluster”) %>%
GC_links(“link”)

这里怎么改基因的颜色暂时没有想明白，只能用它默认的配色
如果要改link的配色只能一个一个的改
比如
GC_chart(example.dat %>%
mutate(link2=c(NA,”geneB”,”geneB”,NA,”geneB”)),
start=”start”,
end=”end”,
cluster = “cluster”,
group=”cluster”) %>%
GC_links(“link”,
linkStyle = list(stroke=”green”,fill=c(“orange”)))%>%
GC_links(“link2”,
linkStyle = list(stroke=”red”,fill=c(“blue”)))

其他的细节等到用到的时候再来研究吧。
如果有了基因组gff文件做这个共线性图还挺方便的