最近在跑单细胞数据验证课题思路,但是不想用R和Python写代码跑数据,然后有些数据也比较大,不方便在自己电脑上跑,于是就找了一些单细胞在线分析网站,发现了几个还不错的工具,分享给大家。
Cellenics
https://scp.biomage.net/
首推Cellenics,牛逼、快速且免费,前几天发现的,一开始都没抱有期待,因为之前有看到曾老师说这个公司的软件连使用方法都是收费的(https://mp.weixin.qq.com/s/2YdN05Z8P_cGHPcDjNG6xw)。但是后来发现和同类网站相比,他的文件上传速度特别快,而且分析数据的速度绝对吊打一堆网站。然后我又查了一下相关资讯,Parse Biosciences已经收购了Biomage,号称将大幅缩短单细胞数据分析时间(https://mp.weixin.qq.com/s/rbJV4X-AZ3hxnW9E4T1ObQ),这个真的很赞!
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这么好的网站,不知道为什么免费给大家使用,有可能过段时间就要收费了吧,但是最近有单细胞分析需求的可以去试试。(User Guide也写得很详细:https://www.biomage.net/user-guide) #但是我的另一台电脑打不开这个网站??
SCTK-QC
https://sctk.bu.edu/app/SingleCellTK
单细胞天地之前推荐过:https://mp.weixin.qq.com/s/WOq9k8b8D-wyBo_ZD_bAyg
Granatum
http://granatum.eecs.umich.edu:38101/?state_id=961da4d4f727854b&tab=info
还有这个也可以试试。
写在文末
前段时间还看到一篇发表在nature methods上的文章,使用GPT-4进行单细胞亚群注释(https://mp.weixin.qq.com/s/fKZVW1DpmnwLRCFi_KMTVg)
相信未来这些分析的门槛也会越来越低,大家可以适当关注一下前沿的工具,万一刚好用上了呢。
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