跟着Nature microbiology学作图：R语言做Wilcoxon秩和检验并用箱线图展示结果

论文

A high-quality genome compendium of the human gut microbiome of Inner Mongolians

论文中大部分作图数据都有，争取把论文中的图都复现一下

今天的推文我们试着复现一下论文中的Figure2c

上半部分的部分示例数据截图

读取数据

library(readxl)

fig2c1<-read_excel("data/20230305/41564_2022_1270_MOESM5_ESM.xlsx",
                   sheet = "Fig2c top")

head(fig2c1)

Wilcoxon秩和检验

wilcox.test(N_contigs~DB,data=fig2c1)

wilcox.test(`N50 length`~DB,data=fig2c1)

作图代码

fig2c1 %>% 
  mutate(DB=factor(DB,levels = c("UHGG","IMGG"))) -> fig2c1

ggplot(data=fig2c1,aes(x=DB,y=N_contigs))+
  geom_boxplot(aes(fill=DB),show.legend = FALSE,
               width=0.4)+
  scale_fill_manual(values = c("#d19999","#b5cde1"))+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank())+
  labs(x=NULL,y="Number of contigs")+
  annotate(geom = "text",x=1.5,y=600,label=expression(paste(italic(P)," < 2",''%*%'',"10",''^-'')^16),parse=T) -> p1


ggplot(data=fig2c1,aes(x=DB,y=`N50 length`/1000000))+
  geom_boxplot(aes(fill=DB),show.legend = FALSE,
               width=0.4)+
  scale_fill_manual(values = c("#d19999","#b5cde1"))+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank())+
  labs(x=NULL,y="N50 length (Mbp")+
  annotate(geom = "text",x=1.5,y=6,label=expression(paste(italic(P)," < 2",''%*%'',"10",''^-'')^16),parse=T) -> p2

library(patchwork)

p1+p2+
  plot_layout(ncol = 2)+
  plot_annotation(title = "All genomes",
                  theme = theme(plot.title = element_text(hjust=0.5,size=30)))

这里怎么给标题再添加一个灰色背景，暂时想不到办法了

这里出的图和论文中的对不上，暂时不知道问题出在哪里了

这里新学到的知识点，使用annotate()函数搭配expression的写法

如果是普通的文本需要用双引号引起来，需要expression函数解析的文本用两个单引号引起来

paste内部上标用加减号是可以的，但是用数字就不行，暂时不知道为啥

比如

ggplot(data=fig2c1,aes(x=DB,y=`N50 length`/1000000))+
  geom_boxplot(aes(fill=DB),show.legend = FALSE,
               width=0.4)+
  scale_fill_manual(values = c("#d19999","#b5cde1"))+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank())+
  labs(x=NULL,y="N50 length (Mbp")+
  annotate(geom = "text",x=1.5,y=6,label=expression(paste(italic(P)," < 2",''%*%'',"10",''^-+'')),parse=T)

这个代码出结果

ggplot(data=fig2c1,aes(x=DB,y=`N50 length`/1000000))+
  geom_boxplot(aes(fill=DB),show.legend = FALSE,
               width=0.4)+
  scale_fill_manual(values = c("#d19999","#b5cde1"))+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank())+
  labs(x=NULL,y="N50 length (Mbp")+
  annotate(geom = "text",x=1.5,y=6,label=expression(paste(italic(P)," < 2",''%*%'',"10",''^-1'')),parse=T)

这个代码就报错

需要把数字写到paste()函数的外面

ggplot(data=fig2c1,aes(x=DB,y=`N50 length`/1000000))+
  geom_boxplot(aes(fill=DB),show.legend = FALSE,
               width=0.4)+
  scale_fill_manual(values = c("#d19999","#b5cde1"))+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank())+
  labs(x=NULL,y="N50 length (Mbp")+
  annotate(geom = "text",x=1.5,y=6,
           label=expression(paste(italic(P)," < 2",''%*%'',"10",''^-'')^123456),parse=T)

那如果我还想继续往后写文本，暂时不知道怎么搞了

突然想到了，原来可以用波浪线来连接

ggplot(data=fig2c1,aes(x=DB,y=`N50 length`/1000000))+
  geom_boxplot(aes(fill=DB),show.legend = FALSE,
               width=0.4)+
  scale_fill_manual(values = c("#d19999","#b5cde1"))+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank())+
  labs(x=NULL,y="N50 length (Mbp")+
  annotate(geom = "text",x=1.5,y=6,
           label=expression(paste(italic(P)," < 2",''%*%'',"10",''^-'')^123456~"AAA"[123]),parse=T)

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