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小明的数据分析笔记本
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推断祖先染色体序列的流程
代码链接https://github.com/eriqande/make-ancestral-fasta-snakeflow/tree/main这个是一个snakemake的流程这…
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snpEff软件注释vcf文件获取变异位点和编码基因的相对关系
https://sourceforge.net/projects/snpeff/files/我下载的是 snpEff_v4_3t_core.zip软件主页http://snpeff…
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Science期刊论文中画地图展示采样地点的代码
这个地图是带地形的,数据下载链接https://www.naturalearthdata.com/downloads/可以只画自己指定的区域,比如我大体画一下河北省的地形nat.e…
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R语言ggplot2散点图组合频率分布直方图完整实例
复现的图来源于论文 A multi-kingdom collection of 33,804 reference genomes for the human vaginal mic…
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使用lastz软件对两条序列进行比对并分析snp和indel
A complex phenotype in salmon controlled by a simple change in migratory timinglastz和multi…
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R语言包EGAD用来评估基因共表达网络的表现(1)
看到了一篇利用公共转录组数据构建基因共表达网络的论文,研究的物种是桃子Exploring large-scale gene coexpression networks in pea…
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Nature Cancer期刊论文图表复现fig1b簇状柱形图/误差线/抖动散点图(视频版)
以下来源于论文 Liu, L., Chen, J., Zhang, H. et al. Concurrent delivery of immune checkpoint block…
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跟着NC学作图:R语言circlize包做弦图展示基因组特征
论文 Genomic insights into local adaptation and future climate-induced vulnerability of a ke…
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跟着NC论文学数据分析:R语言gradientForest包分析环境变量的重要性排序
论文 Genomic insights into local adaptation and future climate-induced vulnerability of a ke…
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R语言用指数函数拟合泛基因组曲线
泛基因组分析里泛基因家族曲线通常用幂函数(y=ax^b+c)来拟合,核心基因家族曲线通常是用指数函数(y=ae^bx+c)来拟合论文 The pangenome of an agr…