小明的数据分析笔记本
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办公效率提升小技巧：不同电脑之间文件互传
现在办公是一台笔记本和一台台式机，有时候需要两台电脑之间传输文件，之前一直是用U盘来回插。突然想起来之前好像看到过用everything这个软件可以快速搭建文件服务器，所以找了一下…
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使用R语言计算微卫星重复序列单体的一致序列/序列两两差异碱基数
参考 TRASH 这个软件里的代码，利用TRASH软件的输出结果运行的TRASH命令是~/mingyan/biotools/TRASH-main/TRASH_run.sh ../a…
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把scaffold水平的基因组数据拆分成contig水平
这个直接用ragtag软件里的ragtag_splitasm.py脚本来做就行ragtag的github主页https://github.com/malonge/RagTag直接用…
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最新发表的土豆泛基因组Nature论文中用pggb做泛基因分析的代码
论文 Leveraging a phased pangenome for haplotype design of hybrid potatohttps://www.nature.c…
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使用NLR-Annotator2鉴定植物基因组中的NLR基因家族
https://academic.oup.com/plphys/article/183/2/468/6116394The NLR-Annotator Tool Enables An…
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Cell Research论文中人类T2T基因组补gap的策略
论文 https://www.nature.com/articles/s41422-023-00849-5The complete and fully-phased diploid…
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基因组比对然后画dotplot的代码
https://www.nature.com/articles/s41422-023-00849-5The complete and fully-phased diploid ge…
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用HOMER里的scanMotifGenomeWide.pl脚本在全基因组范围找已知的motif
直接使用conda安装就可以安装好以后scanMotifGenomeWide.pl脚本会在虚拟环境的bin目录下使用命令是 scanMotifGenomeWide.pl at_Eb…
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minipileup~基因组水平的比对后多样本联合检测变异，直接生成多样本vcf方便后续分析
我是在论文The 1001G+ project: A curated collection of Arabidopsis thaliana long-read genome ass…
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处理gff/gtf格式注释文件的工具-AGAT
工具的github主页https://github.com/NBISweden/AGAT谷歌学术链接https://scholar.google.com/citations?vie…
