小明的数据分析笔记本
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把scaffold水平的基因组数据拆分成contig水平
这个直接用ragtag软件里的ragtag_splitasm.py脚本来做就行ragtag的github主页https://github.com/malonge/RagTag直接用…
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最新发表的土豆泛基因组Nature论文中用pggb做泛基因分析的代码
论文 Leveraging a phased pangenome for haplotype design of hybrid potatohttps://www.nature.c…
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使用NLR-Annotator2鉴定植物基因组中的NLR基因家族
https://academic.oup.com/plphys/article/183/2/468/6116394The NLR-Annotator Tool Enables An…
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Cell Research论文中人类T2T基因组补gap的策略
论文 https://www.nature.com/articles/s41422-023-00849-5The complete and fully-phased diploid…
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基因组比对然后画dotplot的代码
https://www.nature.com/articles/s41422-023-00849-5The complete and fully-phased diploid ge…
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用HOMER里的scanMotifGenomeWide.pl脚本在全基因组范围找已知的motif
直接使用conda安装就可以安装好以后scanMotifGenomeWide.pl脚本会在虚拟环境的bin目录下使用命令是 scanMotifGenomeWide.pl at_Eb…
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minipileup~基因组水平的比对后多样本联合检测变异，直接生成多样本vcf方便后续分析
我是在论文The 1001G+ project: A curated collection of Arabidopsis thaliana long-read genome ass…
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处理gff/gtf格式注释文件的工具-AGAT
工具的github主页https://github.com/NBISweden/AGAT谷歌学术链接https://scholar.google.com/citations?vie…
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CentIER 预测植物植物基因组序列中的着丝粒区域
github主页https://github.com/simon19891216/CentIER/releases/tag/CentIERv2.0论文https://www.sci…
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大豆Cell论文中泛基因家族分析复现七：不同类别基因dN/dS值箱线图
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420306188Pan-Genome of Wild and …
