小明的数据分析笔记本
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R语言拆分数据框里的列
用emapper去做功能注释，gene id 和对应的GO格式如下gene01 GO:001,GO002gene02 GO:001,GO002,GO003需要把这个格式转换成下面的…
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R语言里做缺失值数据处理的R包——naniar
这个R包的帮助文档https://cran.r-project.org/web/packages/naniar/vignettes/getting-started-w-naniar…
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R语言批量做单因素方差分析并作柱形图和误差线图
用R语言里自带的PlantGrowth数据集做测试构造一个多变量的数据集PlantGrowth %>%select(2,1) %>%rename(“A…
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卖核桃：买核桃送公众号23年9月到24年9月关于R语言做数据可视化的代码和示例数据
又到了一年一度卖核桃的节目 我老家在河北遵化，听地名大家可能不太熟悉，但是说 慈禧 大家可能知道，慈禧死后埋在了清东陵，最后被孙殿英盗墓的地方就在遵化。之前看《明朝那些事儿》，里面…
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R语言批量做t检验
参考链接https://rforpoliticalscience.com/2024/03/24/how-to-run-multiple-t-tests-in-a-function-…
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R语言包EGAD用来评估基因共表达网络的表现(2)准备自己的数据
EGAD 这个R包的安装需要用到bioconductor，设置国内镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/bioconductor/…
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全基因组关联分析(GWAS)后使用机器学习算法+显著位点+表型做基因组预测
论文 Integrative genomics reveals the polygenic basis of seedlessness in grapevinehttps://do…
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python脚本更改vcf文件中的样本顺序
用vcf文件和表型关联做GWAS分析的时候通常会要求vcf文件里的样本顺序和表型样本顺序是一致的，一种做法是根据vcf文件里的样本顺序调整表型数据里的样本顺序，另外一种做法是根据表…
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泛基因家族分析R语言计算核苷酸多样性
泛基因家族分析通常会分析 kaks 和 核苷酸多样性，之前的推文介绍过使用wgd这个软件计算dnds，泛基因组分析计算核心可变基因家族的kaks这个软件调用的是codeml。计算d…
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推断祖先染色体序列的流程
代码链接https://github.com/eriqande/make-ancestral-fasta-snakeflow/tree/main这个是一个snakemake的流程这…
