处理gff/gtf格式注释文件的工具-AGAT

工具的github主页
https://github.com/NBISweden/AGAT
谷歌学术链接
https://scholar.google.com/citations?view_op=view_citation&hl=en&user=o0KM2sMAAAAJ&citation_for_view=o0KM2sMAAAAJ:qxL8FJ1GzNcC

帮助文档主页
https://nbisweden.github.io/AGAT/agat_for_you/
这个工具都可以干什么？
在帮助文档里写到
AGAT allowing you to perform almost everything you minght want to achieve.
比如

• add missing parent features (e.g. gene and mRNA if only CDS/exon exists).
• add missing features (e.g. exon and UTR).
• add missing mandatory attributes (i.e. ID, Parent).
• fix identifiers to be uniq.
  这些还都挺有用的
  我是在论文
  Pangenomic context reveals the extent of intraspecific plant NLR evolution
  https://doi.org/10.1101/2024.09.02.610789
  中看到的这个工具，需要仔细看这篇论文，泛基因组层面研究基因家族的性质 应该是一个公共数据挖掘然后写论文的好方向