https://www.nature.com/articles/s41422-023-00849-5
The complete and fully-phased diploid genome of a male Han Chinese
（这篇论文里基因组比对然后分析的一些内容可以试着重复一下）
论文里还提到了一个可视化基因组比对的工具
https://github.com/YangJianshun/LINKVIEW2
LINKVIEW2 （这个画图的软件正好满足自己最近的一个需求）
画dotpolt的话先是基因组比对，论文里提到的比对工具是unimap，工具对应的github主页是
https://github.com/lh3/unimap
可以直接使用conda安装
用拟南芥做基因组做测试
unimap -cxasm5 –cs -t16 00.ref/at.col0.chr.fna 00.qrys/C24.fa > C24.unimap.paf
把输出的paf格式转换为mashmap格式
（convert paf format to mashmap format (fake mashmap)）
awk ‘{print $1″\t”$2″\t”$3″\t”$4″\t”$5″\t”$6″\t”$7″\t”$8″\t”$9″\t”$10/$11}’ C24.unimap.paf > C24.unimap.fmash
画图代码来源于
https://github.com/dongyawu/humanT2TPhasedGenome/blob/main/generateDotPlot
是个perl脚本
perl generateDotPlot.pl png large C24.unimap.fmash
输出
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