用线性回归模型预测上海新冠感染人数(附python代码)

基于上海发布公号最新公布的疫情数据,本文对微博@萧瑟Henry 提到的预测模型进行复现。


本硕读的都是统计学,也是在上海念的书
,忍不住自己动手实操一下,不能把知识都还给我们都喜欢的徐老师啊


1. 读取上海疫情数据

import pandas as pd
import numpy as np
data = pd.DataFrame({'日期': ['3月12日','13日','14日','15日','16日','17日','18日','19日','20日','21日','22日','23日','24日','25日','26日','27日','28日','29日'],
'确诊人数': [1,41,4,5,8,57,8,17,24,31,4,4,29,38,45,50,96,326],
'无症状人数': [64,128,130,197,150,203,366,492,734,865,977,979,1580,2231,2631,3450,4381,5656]})
data['总人数']=data['确诊人数']+data['无症状人数']
data['LN总人数']=np.log(data['总人数'])
data['日期序列']=data.index+1
data.set_index('日期', inplace=True)
data

2观察感染人数随着时间推移的变化趋势

import matplotlib.pyplot as plt
plt.rcParams['font.sans-serif']=['SimHei']
fig,ax1 = plt.subplots(figsize = (10,6))
ax2 = ax1.twinx()
l1, = ax1.plot(data.index,data["总人数"],color='green', marker='o', linestyle='dashed',linewidth=2, markersize=10)
l2, = ax2.plot(data.index,data["LN总人数"],color='red', marker='o', linestyle='dashed',linewidth=2, markersize=10)
ax1.set_ylabel("y1,总人数")
ax2.set_ylabel("y2,LN总人数")
plt.legend(handles=[l1,l2,],labels=['总人数','LN总人数'],loc='best')
ax1.set_title('感染者总人数变化趋势')
plt.show()

可以看出样本区间内呈现出指数级增长趋势。



3构造预测模型

其中 t 为自变量,表示时间,y 为因变量,表示感染人数,α 和 β 为需要预估的模型参数,ε 为其他干扰项。对上面模型进行拟合,只需对 y 取对数,这里选取对数 e 来尝试,这样就转换成了对 lny 拟合线性回归模型即可。

从下面的预测结果可得到,预测模型如下:

'''构建模型'''
import statsmodels.api as sm
train=data[:16]
x = sm.add_constant(train['日期序列'])
y = train['LN总人数']
model = sm.OLS(y, x)
result = model.fit()
print(result.summary()) 
使用 12 日-27 日共 16 个样本进行模型训练,得到检验 R 平方值为97.1%,拟合度非常高,参数检验 P 值均为 0,模型系数估计显著性也很高。



4用模型进行预测

data.loc[:,'预测值']=round(np.exp(data.loc[:,'日期序列']*0.2470+4.1919))
data.loc[:,'95%置信下限']=round(np.exp(data.loc[:,'日期序列']*0.223+3.964))
data.loc[:,'95%置信上限']=round(np.exp(data.loc[:,'日期序列']*0.271+4.420))
data

plt.figure(figsize = (10, 6))
plt.plot(data.index,data['总人数'],label='实际值',color='green', marker='o', linestyle='dashed',linewidth=2, markersize=10)
plt.plot(data.index,data['预测值'],label='预测值',color='red', marker='*', linestyle='dashed',linewidth=2, markersize=12)
plt.title("预测值与实际值差异")
plt.legend()
plt.show()

可以看到拟合效果很好。从未参与到模型训练的 28 号和 29 号两天数据来看,原预测模型有点保守,指数级增长趋势还在,通过模型预测明天感染人数在 7k-8k 之间。

test = pd.DataFrame({'日期': ['3月30日','3月31日']})
test['日期序列']=test.index+19
test.loc[:,'预测值']=round(np.exp(test.loc[:,'日期序列']*0.2470+4.1919))
test.loc[:,'95%置信下限']=round(np.exp(test.loc[:,'日期序列']*0.223+3.964))
test.loc[:,'95%置信上限']=round(np.exp(test.loc[:,'日期序列']*0.271+4.420))
test

这个数据大家权当看着玩吧,模型没有考虑样本量、参数分布以及其他可能被忽略的重要因素等。

居家隔离第 12 天了这两天也感受到了社区管控和服务水平的明显提升,开始按照楼栋分批做核酸检测、发放时蔬等物资,尽可能减交叉感染风险,在近期感染数据飙升的背后,很多"补救"措施已在悄悄进行。

希望大家困在疫情的日子里保持好心情,保护好自己,配合防疫工作,早日迎来拐点,迎接解封的日子啊。

题图来源:网站Pexels

THE END

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