GDSC 药物 IC50 与基因表达相关性分析

引言
把 GDSC2 的不同药物和细胞系的 IC50 信息及基因表达谱信息作为内置数据放在 omicScope 里，可以直接绘制相关性散点图来查看特定药物特定基因的表达信息和 IC50 的关系。
安装

Install from GitHub

if (!requireNamespace(“devtools”, quietly = TRUE)) {
install.packages(“devtools”)
}
devtools::install_github(“junjunlab/omicScope”)

Or using pak (recommended)

if (!requireNamespace(“pak”, quietly = TRUE)) {
install.packages(“pak”)
}
pak::pak(“junjunlab/omicScope”)
示例
加载内置数据：
library(omicScope)

data(“ic”)

head(ic[1:3,1:8])

# A tibble: 3 × 8

DATASET NLME_RESULT_ID NLME_CURVE_ID COSMIC_ID CELL_LINE_NAME SANGER_MODEL_ID TCGA_DESC DRUG_ID

1 GDSC2 401 18945558 683667 PFSK-1 SIDM01132 MB 1003

2 GDSC2 401 18945796 684052 A673 SIDM00848 UNCLASSIFIED 1003

3 GDSC2 401 18946078 684057 ES5 SIDM00263 UNCLASSIFIED 1003

data(“exp.anno”)

head(exp.anno[1:3,1:8])

gene_id gene_name 1287381 1287706 910697 910851 910925 906803

1 ENSG00000186092 OR4F5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.000 0.00

2 ENSG00000187634 SAMD11 19.17 0.13 2.07 8.11 0.090 0.15

3 ENSG00000188976 NOC2L 18.25 30.38 25.63 18.03 42.095 25.22

绘制 METTL3 在 顺铂 药物处理的 IC50 的相关性关系：
gdsc_corplot(select_gene = “METTL3”,
drug_name = “Cisplatin”)

有些基因有多个 gene_id,就会绘制所有 gene_id 的图：
gdsc_corplot(select_gene = “PINX1”,
drug_name = “Cisplatin”)

结尾
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索。
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