
老俊俊的生信笔记
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世界很大,出去走走
好像什么也没干转眼2025年的十月份即将结束这一年曲曲折折不知说给谁好像没人能懂有哭泣、有难过有感动,也有笑容擦擦眼泪,继续前行打不败我的只会使我更强大 暑假决定给自己放放假于是买…
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GDSC 药物 IC50 与基因表达相关性分析
引言把 GDSC2 的不同药物和细胞系的 IC50 信息及基因表达谱信息作为内置数据放在 omicScope 里,可以直接绘制相关性散点图来查看特定药物特定基因的表达信息和 IC5…
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单细胞转录组上下游分析一文打通
引言走一个酒精性脂肪性肝病(NAFLD)肝脏的单细胞基因表达谱的上下游分析。GSE 编号为 GSE270583,四个样本。 原始数据下载使用 aspera 下载原始 fastq 文…
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使用 TIMER3 数据库进行在线免疫浸润分析
引言 免疫浸润分析是指通过计算生物学方法,量化肿瘤组织或其它病变组织中各种免疫细胞的比例和活性。这些浸润的免疫细胞共同构成了“肿瘤微环境”,它们不仅是机体对抗肿瘤的“前线战场”,也…
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omicScope 对接 UCSC xena 下载数据
引言有时候大家可能会直接去 UCSC xena 数据库下载对应癌种表达数据自学分析和绘图。这也是需要较为繁琐的代码操作。omicScope 直接可以整合分析这些数据,一键分析和绘图…
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coverage_plot 指定基因组区间绘图
引言除了对指定基因进行展示,对于表观相关的数据,可能需要展示特定基因组区间的信号分布情况。增加了这项功能。参考文档:https://junjunlab.github.io/omic…
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omicScope 可视化基因基因组上的 coverage
引言如果直接是基于 bam 文件分析的,除了差异分析或者 boxplot 之类的图形展示基因的表达情况,还可以在基因组上进行展示,加入了基因不同 exon 的表达情况。这不需要将 …
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Cell:邻近特异性核糖体分析揭示定位线粒体翻译的逻辑机制
引言分享一篇 2025 年 8 月 27 日 发表在 cell 期刊的文章 Proximity-specific ribosome profiling reveals the lo…
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Click-qPCR:一个超简单的交互式 qPCR 数据分析工具
引言Click-qPCR 使研究人员能够无论是否有编程经验都能高效地处理、解释和可视化 qPCR 数据,从而加快数据处理速度并提高常规分析的可访问性。 Click-qPCR 的 S…
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Nature 期刊 GSEA 富集图复现
引言复现最新一篇 Nature 期刊文章 Cancer-induced nerve injury promotes resistance to anti-PD-1 therapy …