老俊俊的生信笔记
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预售一张五年后的电影票,主角是你!
引言这是一封寄往未来的信,写信人是你,收信人是五年后的你。在 2025 年即将结束的最后一刻,让我们一起许下一个关于未来的约定。在 评论区 写下你的梦想、目标,或是想对 2030 …
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写给五年后自己的一些话(赶紧报名!)
之前不是在群里聊过这个话题嘛 我现在收集一下大家对于五年后 想对自己说的话 我在公众号12.31号会整理好并发布出来 然后五年后我会再发一条这个 看看五年后大家会是个什么状态和样子…
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scATAC-seq 多样本整合分析
引言之前我介绍过 signac 官网的 scATAC 多样本整合。里面是一个样本一个样本分析的,比较繁琐,这里我写一个批量分析的流程,明白易懂,可以给分析减少很多繁琐的操作和代码。…
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听说你还在为 SCI 配色困扰?
引言分享一个刚发布不久的配色 R 包 poisonfrogs(毒蛙):顾名思义,它的灵感来源于一系列受 新热带毒蛙 启发的色彩调色板。超过 200 种色彩鲜艳的物种,新热带毒蛙用生…
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新工具 CellMentor:基于监督式 NMF 的单细胞数据降维与整合利器,精准识别稀有细胞群
引言在单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)数据分析中,如何从高维、稀疏且充满噪声的数据中提取出具有生物学意义的信息,一直是困扰研究者的难题。传统的降维方法(如 PCA)往往容…
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YTHDF2 通过 DUX-ZSCAN4 分子回路抑制小鼠胚胎干细胞中的 2C 样状态
引言2025 年 5 月,中国药科大学生命科学与技术学院 周君,刘晓敏 课题组在 Journal of Biological Chemistry (JBC) 期刊发表文章 YTHD…
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gghic 分析可视化 Hi-C 数据
引言gghic 是一个用于创建灵活、适合发表的 3D 基因组组织数据可视化 R 包。使用 gghic,您可以轻松探索和展示 Hi-C/-接触图、拓扑关联域(TADs)、染色质环、基…
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给 GGplot 添加个注释(jjAnno 更新)
引言jjAnno 是我三年前写的一个简单的工具,来给 ggplot 周围添加不同的注释图形。本质上是使用 annotation_custom 来实现的。最近 ggplot 4.0.…
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简单画个基因结构吧
引言有时候只想看看基因的结构,没有其他信号数据输入什么的。简化版的 transcript_plot 来干这个事情。参数大部分和 coverage_plot 一致。devtools:…
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基因组可视化细节优化
引言 omicScope 最近我自己用的时候也是挺顺手的,我需要绘制几个基因的基因组的可视化表达情况,使用 coverage_plot 绘制的时候发现…