染色体相关调控 RNA

引言
carRNA(chromosome-associated regulatory RNA) 是细胞内一类与染色体结合的、具有调控功能的非核糖体 RNA。《N6-methyladenosine of chromosome-associated regulatory RNA regulates chromatin state and transcription》 这篇 science 文章对其分为三类：1.启动子相关 RNA (promoter-associated RNA, paRNA)；2.增强子 RNA (enhancer RNA, eRNA)；3.转座子转录的 RNA (repeat RNA，如 LINE1 元件)； 主要调控染色质的开放状态和基因的转录活性。

我们知道传统GTF注释文件是没有这些注释的，我们看看文章是怎么定义的：

由方法得知：

paRNA：TSS 上游 1kb 到下游 100bp 的区域
eRNA：H3K27ac peak（增强子信号）TSS 上下游 50kb 到上下游 5kb
repeats：ucsc 下载的重复元件
实验部分怎么获取染色质相关的 RNA 呢，首先做个细胞的核质分离，得到细胞核，下面裂解细胞核就可以走正常的 RNA 提取流程了，这篇文章还去除了核糖体 RNA，我们看看方法部分：

核质分离：

RNA 提取：

carRNA 的 m6A-seq：

数据分析：

结尾
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索。

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