引言

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mfuzz 和 TCseq 都可以对时序的基因表达数据进行聚类分析，有助于帮助我们识别具有相同表达趋势变化的基因。我把 TCseq 分析的结果整理一下也可以对接 ClusterGvis 来进行分析和可视化。
TCseq:

安装

Note: please update your ComplexHeatmap to the latest version!

install.packages(“devtools”)

devtools::install_github(“junjunlab/ClusterGVis”)
测试

library(ClusterGVis)
library(ggplot2)

data(exps)

cm <- clusterData(exp = exps,
cluster.method = “mfuzz”,
cluster.num = 6)

cc <- clusterData(exp = exps,
cluster.method = “TCseq”,
cluster.num = 6)

plot line only

pm <-

visCluster(object = cm,
plot.type = “line”,ncol = 6) +
scale_color_gradient2(low = “red”,mid = “black”,high = “green”,midpoint = 0.5)

pt <-
visCluster(object = cc,
plot.type = “line”,ncol = 6) +
scale_color_gradient2(low = “red”,mid = “black”,high = “green”,midpoint = 0.5)

library(patchwork)
pm / pt

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上面是 mfuzz，下面是 TCseq。 此外你还可以使用 TCseq_params_list 参数添加额外的 TCseq::timeclust 函数的参数来进行补充。
结尾

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路漫漫其修远兮,吾将上下而求索。
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