老俊俊的生信笔记
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找对象一起搞科研?
引言 ❝很久之前,老俊俊的生信笔记 开办的 相亲版块 消失过一段时间了,大家都在生信群里聊找对象,相亲群里聊学术。 时间过得很快,慢慢的我们也年纪不小了,也会面对着各方各界的催婚压…
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写一个 R 版本的 ORFfinder
引言 ❝预测 开放阅读框 的软件和一下 非编码 RNA 翻译微肽 的数据库都有一些。根据提供的序列去寻找可能的 ORF(Open Reading frame) 。比如 NCBI 的…
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TCGA+GTEX 数据联合分析
引言 ❝TCGA 数据库里的很多癌症对应的正常组织的样本数量相对于癌症样本非常少,这对于后续的下游分析比如差异分析可能会带来一定的偏差。GTEX 数据库则收集来自健康捐献者的多个正…
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听说你想给 visCluster 添加行注释?
引言 ❝有用户在 github 提问,clusterGvis 怎么添加行注释,What I am expecting is to add row annotations for g…
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trackc:HiC 数据可视化神器!
引言 ❝分享一个基因组数据可视化的 python 软件 trackc,特别是针对于 HiC 数据。主页:https://trackc.readthedocs.io/en/lates…
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GseaVis 绘制山脊图
引言 ❝加一个 enrich_ridge_plot 来给富集结果绘制山脊图,对于 gsea/非 gsea 富集结果都可。安装 install.packages(“dev…
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2024 年-不平凡的一年
引言 ❝距离上一次记录又过了 2 个多月。今年好像发生了很多很多事情,大到世界各地的紧张国际局势,小到自己身边经历的种种所有。好像我死过一次吧,感觉自己意识模模糊糊而已。不断遇到新…
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ClusterGvis 进行 TCseq 聚类分析
引言 ❝mfuzz 和 TCseq 都可以对时序的基因表达数据进行聚类分析,有助于帮助我们识别具有相同表达趋势变化的基因。我把 TCseq 分析的结果整理一下也可以对接 Clust…
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GseaVis 使用文档
引言 ❝有些事情做了也没人知道,有些事情做了也不会带来什么益处。为什么还要做呢?可能这是自我寻求的意义吧。人生就是这样,有时候你觉得毫无意义可言,终日碌碌无为,有时候又充满着激情和…
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R 语言里的非标准求值
引言 ❝非标准求值 (Non-Standard Evaluation,NSE) 是 R 语言的一个强大且独特的特性,它允许表达式在函数或某个上下文中被捕捉并延迟评估,而不是像通常的…