1引言本文使用 chatGPT 提供一些 rust 语言来编写来获取碱基反向互补序列的函数。 基因组序列里面不完全是大写的碱基序列,还存在很多小写的序列, 所以我们需要考虑这个问题…

引言 ❝homer 软件输出的结果也是和 meme 一样的网页版结果, 对于科研工作者来说, 一副好看且质量高的图才能放进文章里, 网页结果截图就有点 low 了。我写了个 Jun…

引言 ❝一般我们对得到的 peaks 文件根据研究目的也许会进行 motif 分析, 来揭示目的蛋白所结合的序列特征。常见的软件有 homer, meme。这次我们使用 monaL…

引言 ❝上次推文 rgt-hint 转录因子预测结果可视化 留下个问题, 就是绘制 footprint 曲线时,无法把下面的 motif 绘制出来, 因为软件没有输出类似的位置权重…

引言 ❝这里主要对 rgt 预测差异转录因子的输出结果进行重新绘图。 Lineplots 结果是具体预测的 motif 在全基因组上的 footprint 结合信息, 差异的结果则…

引言 ❝在处理 ChIP/cut&tag/MeRIP seq 等之类的数据时,往往需要对应的 Input/IgG 样本作为对照,来去除背景噪音,鉴定出准确的结合区域(pea…

引言 ❝ATAC-seq( assay for transposase-accessible chromatin using sequencing ) 具体是什么我就不再叙述了,大…

引言 美好的生活,突如其来的车祸,命运的齿轮发生了转动,也许可以提前给死后的自己立一份遗嘱,交代好所有事情,就怕死亡来的太快。那么你会写些什么呢?住院期间有点小抑郁,发生这些事情都…

引言 平常我们使用 R 处理数据用到最多的就是dplyr包,但数据量太大则速度劣势开始显现出来,后面有个 data.table 包可以快速处理大量的数据, 但是…

引言内容来自 m6A enrichment on peak center, 打包进 metaplot 方便使用。安装 install.packages(“devtool…