大麦泛基因组(pan-genome)论文,分析泛基因组的代码都有,很好的学习泛基因组分析的材料

论文

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.14.580266v1
Adaptive diversification through structural variation in barley

论文还没有发表,我感觉大概率会在Nature发表。论文中对泛基因组分析的方法描述很详细,这篇文章里提到构建泛基因组用到的软件是minigraph,论文里写用这个软件的理由是大麦基因组比较大(应该在5个G左右),像PGGP这种软件计算压力会非常大,minigraph只考虑大于50bp的SV,在计算上就会相对容易一些
论文中对应的泛基因组分析的代码
https://github.com/mb47/minigraph-barley
有时间对照着方法描述仔细看代码
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