引言

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加一个 enrich_ridge_plot 来给富集结果绘制山脊图，对于 gsea/非 gsea 富集结果都可。
安装

install.packages(“devtools”)

devtools::install_github(“junjunlab/GseaVis”)
示例

gsea 富集结果：
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
library(tidyverse)

loda genelist

data(geneList, package=”DOSE”)

enrichment

ego3 <- gseGO(geneList = geneList,
OrgDb = org.Hs.eg.db,
ont = “BP”,
minGSSize = 100,
maxGSSize = 500,
pvalueCutoff = 0.05,
verbose = FALSE)
可视化：
enrich_ridge_plot(object = ego3,
terms_ID = sample(unique(data.frame(ego3)$ID),10))

颜色映射可以通过 geom_density_ridges_params 进行调整，其它关于 geom_density_ridges 的参数也可以：
enrich_ridge_plot(object = ego3,
terms_ID = sample(unique(data.frame(ego3)$ID),10),
geom_density_ridges_params = list(mapping = aes(fill = NES)))

换个线颜色：
enrich_ridge_plot(object = ego3,
terms_ID = sample(unique(data.frame(ego3)$ID),10),
geom_density_ridges_params = list(mapping = aes(fill = NES),
point_color = “black”))

普通的 go 富集：
go <- enrichGO(gene = names(geneList[geneList>1]),
ont = “BP”,
OrgDb = org.Hs.eg.db)
绘图你需要提供一个两列的 genelist 数据框，包含 id 和 logfc 两列：
gene_list <- data.frame(id = names(geneList),logfc = geneList)

check

head(gene_list,3)

id logfc

4312 4312 4.572613

8318 8318 4.514594

10874 10874 4.418218

绘图：
enrich_ridge_plot(object = go,
terms_ID = sample(unique(data.frame(go)$ID),10),
gene_list = gene_list)

结尾

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