跟着Nature学作图：R语言ggplot2三角热图按照指定的角度旋转

论文

Whole-genome doubling drives oncogenic loss of chromatin segregation

作图数据都有，论文中的图也很好看，抽时间复现

今天的推文复现一下论文中的Figure 1e 三角热图

ggplot2能够做这种三角热图，但是怎么让热图的尖朝上，之前还没有尝试过，基本思路就是可以让整个图进行旋转，查了一下怎么让ggplot2整体旋转，很多都是借助grid包的语法来实现，但是grid的作图我还不是很理解，找了好长时间看有没有ggplot2的扩展包可以做，找到了一个参考链接

这里借助cowplot和ggplotify两个R包

一个简单的小例子

library(ggplot2)

pp<-ggplot()+
  geom_point(aes(x=1,y=1))+
  coord_cartesian(clip = "off")

pp
cowplot::ggdraw()+
  cowplot::draw_plot(ggplotify::as.ggplot(pp,angle = -45),
            width = 0.5,height = 0.5,
            hjust = -0.2,
            vjust = -0.5)

然后用推文中的示例数据

其中一个小图的部分示例数据

读取数据

library(readxl)
#install.packages("rlang")
dat<-read_excel("data/20230327/Figure1d.xlsx")
dat

普通三角热图

library(ggplot2)
ggplot(data=dat,aes(x=x,y=y))+
  geom_tile(aes(fill=log2(value)))+
  coord_equal(clip = "off") -> p

p

添加文本标签

library(tidyverse)
dat %>% pull(x) %>% unique()
p+
  geom_text(data=data.frame(x=1:8,y=0:7,label=dat %>% pull(x) %>% unique()),
            aes(x=x,y=y,label=label),angle=90)+
  theme_void() -> p1
p1

在指定的地方添加线段

p1+
  geom_path(data=data.frame(x=c(0.5,0.5,4.5,4.5,3.5,3.5,2.5,2.5,1.5,1.5,0.5),
                            y=c(0.5,4.5,4.5,3.5,3.5,2.5,2.5,1.5,1.5,0.5,0.5)),
            aes(x=x,y=y),
            color="black",size=1)+
  geom_path(data=data.frame(x=c(0.5,0.5,4.5,4.5,3.5,3.5,2.5,2.5,1.5,1.5,0.5)+4,
                            y=c(0.5,4.5,4.5,3.5,3.5,2.5,2.5,1.5,1.5,0.5,0.5)+4),
            aes(x=x,y=y),
            color="black",size=1) -> p2
p2

更改配色

p2+
  scale_fill_gradient2(low = scales::muted("red"),
                       mid = "white",
                       high = scales::muted("blue"),
                       midpoint = 0)+
  theme(legend.position = "none") -> p3
p3

添加一些额外的注释

p3+
  annotate(geom = "segment",x=0.4,xend=0.4,y=0.5,yend=4.5,
           size=2,color="red")+
  annotate(geom = "text",x=0.2,y=2.5,label="A",angle=45,size=5)+
  annotate(geom = "segment",x=4.5,xend=8.5,y=8.6,yend=8.6,
           size=2,color="blue")+
  annotate(geom = "text",x=6.5,y=8.8,label="B",angle=45,size=5) -> p4
p4

最后顺时针旋转45度

library(cowplot)
ggdraw()+
  draw_plot(ggplotify::as.ggplot(p4,angle = -45),
            width = 0.7,height = 0.7,
            hjust = -0.2,
            vjust = -0.1)+
  annotate(geom = "text",x=0.5,y=0.2,label="Chromatin subcompartments") -> p5

p5

最后再给添加一个图例

p2+
  scale_fill_gradient2(low = scales::muted("red"),
                       mid = "white",
                       high = scales::muted("blue"),
                       midpoint = 0)+
  theme(legend.position = "bottom")+
  guides(fill=guide_colorbar(title.position = "top",
                             title.hjust = 0.5,barwidth = 20)) -> p3.1


p5+
  annotation_custom(grob = ggpubr::get_legend(p3.1),
                    xmin = 0.1,xmax=0.9,
                    ymin=0.1,ymax=0.2)

一直会有提示信息

还可以拼图

library(patchwork)

p6+p6

示例数据和代码可以给推文点赞，然后点击在看，最后留言获取

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