引言
复现最新一篇 Nature 期刊文章 Cancer-induced nerve injury promotes resistance to anti-PD-1 therapy 里的 GSEA 富集的图形。我们·使用 gseaVis 来复现试试。

GSEA 富集图：

安装

install.packages(“devtools”)

devtools::install_github(“junjunlab/GseaVis”)
测试
这里使用测试数据来展示：
library(GseaVis)

load data

test_data <- system.file(“extdata”, “gseaRes.RDS”, package = “GseaVis”)
gseaRes <- readRDS(test_data)

gseaRes.df <- data.frame(gseaRes)

multiplot

neg <- gseaRes.df %>%
dplyr::filter(NES <= -1 & pvalue < 0.05)

terms <- sample(neg$ID,4)

plot

lapply(terms, function(x){
gseaNb(object = gseaRes,
geneSetID = x,
curveCol = “#5EABD6”,
htHeight = 1,
htCol = c(“#1450A3″,”#8C1007”),
htAlpha = 0.8,
subRatio = c(0.5, 0.1, 0.3),
rankCol = “#FFC436”,
addPval = T,
pvalX = 0.9,pvalY = 0.8,
addZeroLine = T)
}) -> gseaList

combine

cowplot::plot_grid(plotlist = gseaList,ncol = 4,align = ‘hv’)

结尾
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索。
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