Click-qPCR:一个超简单的交互式 qPCR 数据分析工具

引言
Click-qPCR 使研究人员能够无论是否有编程经验都能高效地处理、解释和可视化 qPCR 数据,从而加快数据处理速度并提高常规分析的可访问性。 Click-qPCR 的 Shiny 应用程序可在 https://kubo-azu.shinyapps.io/Click-qPCR/ 免费使用。Click-qPCR 的源代码和用户指南可在 GitHub 上公开获取,网址为 https://github.com/kubo-azu/Click-qPCR。文章暂时在预印本上面。

github:

流程图:

分析方法,其实就是正常的 qPCR 计算相对表达量的方法:

安装
install.packages(c(“shiny”, “dplyr”, “ggplot2”, “tidyr”, “DT”, “RColorBrewer”, “fontawesome”, “multcomp”))

if (!requireNamespace(“shiny”, quietly = TRUE)) install.packages(“shiny”)
shiny::runGitHub(“kubo-azu/Click-qPCR”)
使用
输入数据,那个 Cq 值就是 CT 值,循环数:

我们直接使用在线版:https://kubo-azu.shinyapps.io/Click-qPCR/
使用示例数据:

点一下 analyze 开始分析:

下面有一些图像的参数选择:

可以选择多个内参基因和多个样本:

结果(注意这里的 y 轴指的是每个样本相对于内参基因的表达量):

点击下面这个页面则计算的是相对于对照样本的表达量倍数值:

结果图和计算表格都是可以下载的。
结尾
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索。
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