python脚本更改vcf文件中的样本顺序

用vcf文件和表型关联做GWAS分析的时候通常会要求vcf文件里的样本顺序和表型样本顺序是一致的，一种做法是根据vcf文件里的样本顺序调整表型数据里的样本顺序，另外一种做法是根据表型数据里的样本顺序去调整vcf文件的样本顺序。
调整vcf文件的样本顺序没有找到现成的工具可以做这个事情，之前搜索找到一个链接说bcftools 的 reheader命令可以调整样本顺序，我自己之前也用这个命令做过。最近才发现这个命令不会更改样本的顺序，只是根据提供的样本名把vcf文件里的样本名改掉，基因型的顺序并不会动
比如vcf文件

image.png
运行bcftools reheader
bcftools reheader -s sample.order practice.recode.vcf

image.png
自己写的python脚本

import sys

list1 指定顺序的列表

list2 需要调整顺序的列表

def find_positions(list1,list2):
positions = []
for element in list1:
position = list2.index(element)
positions.append(position + 9)

return(list(range(9)) + positions)

sys.argv[1] 样本顺序文件,每行一个样本

sys.argv[2] 输入vcf

sys.argv[3] 输出vcf

sample_order_list = []

with open(sys.argv[1],’r’) as fr:
for line in fr:
sample_order_list.append(line.strip())

fr = open(sys.argv[2],’r’)
fw = open(sys.argv[3],’w’)

for line in fr:
if line.startswith(“##”):
fw.write(line)

elif line.startswith("#CHROM"):
    raw_sample_order = line.strip().split()[9:]

    order_list = find_positions(sample_order_list,raw_sample_order)

    temp_list = line.strip().split()

    new_list = [temp_list[i] for i in order_list]

    fw.write("%s\n"%('\t'.join(new_list)))

else:
    temp_list = line.strip().split()

    new_list = [temp_list[i] for i in order_list]

    fw.write("%s\n"%('\t'.join(new_list)))

fr.close()
fw.close()

运行命令
python adjustVCFsampleOrder.py sample.order practice.recode.vcf practice.reorder.vcf
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