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1引言
有小伙伴在对 clusterData 聚类后的亚群,使用 enrichCluster 来做富集分析时,想用自己的基因集来分析,但是不支持。另外一种办法就是你自己拿亚群去使用 clusterProfiler::enricher 函数自己来做富集分析,然后整理一下数据,做成和 enrichCluster 输出结果一样的格式就行。不过还是需要周转一番。我直接加点代码到 enrichCluster 函数里也不是特别麻烦。
2安装
重新安装获取新功能:
3使用介绍
聚类:
library(ClusterGVis)
library(org.Mm.eg.db)
然后自己去 GSEA 官网下载一下基因集数据:
然后准备一下 enricher 函数需要的 TERM2GENE 和 TERM2NAME 数据即可。设置一下富集类型 type = “ownSet” 。
4结尾
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