大文件转置的工具datamash

odgi paths 命令输出图形泛基因组里每个节点被多少个路径穿过

odgi paths -i input.og --coverage-levels 1,2,90,100 > chr1_nodes_classification.txt

比如有100个基因组构建图形泛基因组 1,2,90,100 这4个数字的意思是

节点只存在一个路径，

节点存在于2到89个路径

节点存在于90到99个路径

节点存在于100个路径

odgi paths 命令还可以输出每个节点的深度

odgi paths -i input.og -H -D "#" -p1 -t 16 > chr1_nodes_composition.txt

一下是输出文件的前几行

这个输出文件每行是样本，每列是节点，节点有很多，这个节点会有很多列，这种行不是很多，列确很多的文件R语言读取还挺费劲的，我想把这个文件做个转置，查了查有没有大文件的转置工具，找到了一个工具叫datamash

直接用conda就可以安装，转置命令

datamash transpose < nodes_composition.txt > nodes_composition.transpose.txt

转置以后用R语言的 data.table包的fread命令读取就可以了

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