小明的数据分析笔记本
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预印本最新文章：结构变异才是HLA基因表达的“幕后操盘手”;回答为什么有些人天生对疫苗反应更强？
这篇文章由墨尔本大学团队完成的研究，利用最新的人类泛基因组（HPRC）数据，首次在结构变异（SV）层面深度解析了HLA（人类白细胞抗原）区域的调控与进化机制。 HLA（人类白细胞抗…
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R语言BioNERO完成转录组分析的基因调节网络（GRN）推断
使用R包 BioNERO 参考链接 现在假设已经通过转录组数据分析拿到了基因表达矩阵 表达矩阵行是基因列是样本，第一列是geneid 首先加载需要使用到的R包，读取数据 libra…
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基因共表达网络分析的R包BioNERO
参考链接https://bioconductor.org/packages//release/bioc/vignettes/BioNERO/inst/doc/vignette_01…
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PlantCAD2:被子植物跨物种功能注释的长上下文DNA语言模型安装测试
论文 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.08.27.672609v4 PlantCAD2: A Long-Context D…
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机器学习小例子:TabPFN回归模型
这个模型框架发表在Nature正刊上（之前竟然没有关注到），论文 https://www.nature.com/articles/s41586-024-08328-6 Accura…
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机器学习模型小例子：xgboost回归模型预测血压/shap模型解释
最近在看 机器学习 shap分析相关的内容，在论文 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2590346225003…
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跟着Nature学数据分析:SV数据构建进化树（NJ树）
论文From genotype to phenotype with 1,086 near telomere-to-telomere yeast genomes https://ww…
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跟着Nature学数据分析：GWAS分析前对表型数据进行标准化转换（基于秩次的逆正态变换）
论文From genotype to phenotype with 1,086 near telomere-to-telomere yeast genomes https://ww…
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跟着NAR学数据分析:群体重测序SNP数据划分不同单倍型
https://academic.oup.com/nar/article/54/5/gkag134/8500555Glycine max Jumonji C domain…
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使用cropgbm基于snp和表型训练机器学习模型做基因组预测
cropgbm 的论文https://link.springer.com/article/10.1186/s13059-021-02492-yLightGBM: accelerat…
