链接https://peo.ku.dk/ 数据库首页 在搜索框里输入基因ID，可以给出 组织特异性 （这里SPM是什么指标之前还没有见过） 不同组织的表达 mapman 和pfam…

同一个物种的基因组有时候会有不同版本的基因注释，如何把同一个基因的不同id匹配到一起一直没有搞明白，我之前比较简单的做法是用两个蛋白做blast, 匹配长度在90%以上 相似度也在…

这篇文章由墨尔本大学团队完成的研究，利用最新的人类泛基因组（HPRC）数据，首次在结构变异（SV）层面深度解析了HLA（人类白细胞抗原）区域的调控与进化机制。 HLA（人类白细胞抗…

使用R包 BioNERO 参考链接 现在假设已经通过转录组数据分析拿到了基因表达矩阵 表达矩阵行是基因列是样本，第一列是geneid 首先加载需要使用到的R包，读取数据 libra…

参考链接https://bioconductor.org/packages//release/bioc/vignettes/BioNERO/inst/doc/vignette_01…

论文 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.08.27.672609v4 PlantCAD2: A Long-Context D…

这个模型框架发表在Nature正刊上（之前竟然没有关注到），论文 https://www.nature.com/articles/s41586-024-08328-6 Accura…

最近在看 机器学习 shap分析相关的内容，在论文 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2590346225003…

论文From genotype to phenotype with 1,086 near telomere-to-telomere yeast genomes https://ww…

论文From genotype to phenotype with 1,086 near telomere-to-telomere yeast genomes https://ww…