批量下载 starbase 数据

1引言

startbase 是中山大学提供的一个关于 RNA 互作, RBP-RNA 互作的数据库,内容丰富,并且收集了很多 实验验证 的数据,但是只能单个基因查询。有时候你想批量查询,你可以使用他们提供的 API 批量下载。这个数据库现在的名字为 ENCORI。

网址:

https://rnasysu.com/encori/

2介绍

这是相关的测序数据:

此外还可以查询泛癌基因的表达,生存分析,共表达等等。

我们来到 web API:

这里展示了很多数据下载的方式,你只要修改里面的相关参数即可,下面我们下载circRNA 和 miRNA的数据看看:$ curl 'https://rna.sysu.edu.cn/encori/api/miRNATarget/?assembly=mm10&geneType=circRNA&miRNA=all&clipExpNum=0&degraExpNum=0&pancancerNum=0&programNum=7&program=None&target=all&cellType=all' > starBase_mm10_miRNA_circRNA_all.txt

然后数据长下面这样:

3结尾

路漫漫其修远兮,吾将上下而求索。

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