自定义基因集 GseaVis 绘图

1引言

使用 GSEA 函数与自定义的 gmt 文件做富集分析, GseaVis 也是可以出图的。此外,之前有小伙伴说 中间热图的颜色在不同通路是一样的, 按理应该是不一样的,然后也解决了这个小问题。

2安装

# install.packages("devtools")
devtools::install_github("junjunlab/GseaVis")

3示例

使用 gmt 富集分析:

library(clusterProfiler)
library(GseaVis)

data(geneList, package="DOSE")

gmt <- read.gmt("h.all.v2023.1.Hs.entrez.gmt")

gseaRes <- GSEA(geneList = geneList,
                TERM2GENE = gmt,
                pvalueCutoff = 0.05)
# preparing geneSet collections...
# GSEA analysis...

df <- data.frame(gseaRes)

绘图:

# plot
gseaNb(object = gseaRes,
       geneSetID = df$ID[1])

多个通路:

gseaNb(object = gseaRes,
       curveCol = circlize::rand_color(4),
       geneSetID = df$ID[sample(27,4,replace = F)])

4结尾

路漫漫其修远兮,吾将上下而求索。

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