1引言
这段时间一直在折腾这个东西,也是为了填补之前的两个坑 deeptools 结果重新绘图 和 ChIP-seq 可视化探索, 第二部分推文末尾简单展示了如何提取数据然后使用ggplot绘图。综合前面的问题,把这些整理一下又是一个包,哈哈。事实上很多东西并不能按你预想的方向发生,只能在折腾中前行。
ggChIPvis 可以干啥呢? 它可以读取 EnrichedHeatmap::normalizeToMatrix,ChIPseeker::getTagMatrix 和 deeptools 的 computeMatrix 输出结果, 提取数据然后使用 ggplot2 重新绘图。这样你可以有更多的空间去做一些调整和细节的把控。也方便自己平时的绘图。
2安装
# install.packages("devtools")
devtools::install_github("junjunlab/ggChIPvis")
# or
remotes::install_github("junjunlab/ggChIPvis")
library(ggChIPvis)3参考文档
具体例子大家可以去看参考文档。
4示例
5结尾
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索。
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