coverage_plot 指定基因组区间绘图

引言
除了对指定基因进行展示，对于表观相关的数据，可能需要展示特定基因组区间的信号分布情况。增加了这项功能。
参考文档：
https://junjunlab.github.io/omicScope-documentation/CoveragePlot.html
安装

Install from GitHub

if (!requireNamespace(“devtools”, quietly = TRUE)) {
install.packages(“devtools”)
}
devtools::install_github(“junjunlab/omicScope”)

Or using pak (recommended)

if (!requireNamespace(“pak”, quietly = TRUE)) {
install.packages(“pak”)
}
pak::pak(“junjunlab/omicScope”)
示例
通过指定 target_region 参数来现在基因组区间：
coverage_plot(bam_file <- c(“../test-bam/0a.sorted.bam”,
“../test-bam/10a.sorted.bam”),
sample_name <- c(“day0-rep1″,”day10-rep1”),
gtf_file = gtf,
target_region = c(“1:127061844-128745904”,
“2:121127504-121354559”)
)

不显示基因名称，基因名称大小可以自己设置：
coverage_plot(bam_file <- c(“../test-bam/0a.sorted.bam”,
“../test-bam/10a.sorted.bam”),
sample_name <- c(“day0-rep1″,”day10-rep1”),
gtf_file = gtf,
target_region = c(“1:127061844-128745904”,
“2:121127504-121354559”),
add_range_label = TRUE,
remove_labelY = TRUE,
add_gene_label = FALSE)

折叠展示：
coverage_plot(bam_file <- c(“../test-bam/0a.sorted.bam”,
“../test-bam/10a.sorted.bam”),
sample_name <- c(“day0-rep1″,”day10-rep1”),
gtf_file = gtf,
target_region = c(“1:127061844-128745904”,
“2:121127504-121354559”),
add_gene_label = FALSE,
collapse_exon = TRUE,
exon_linewidth = 6)

结尾
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索。
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