给你的亚群添加编号

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2引言

单细胞亚群注释的细胞名称前面往往会有软件分群的结果,也就是前面那个点里面的数字, 重新画个图例就完事了,看看 geom_scPoint2 怎么画出来。

3介绍

默认就和正常的散点图基本差不多:

library(SeuratData)
library(Seurat)
library(ggplot2)
library(ggSCvis)

data("pbmc3k")
pbmc <- pbmc3k.final
pbmc <- UpdateSeuratObject(object = pbmc)

ggscplot(object = pbmc) +
  geom_scPoint2(aes(color = seurat_annotations))

加个亚群标签:

ggscplot(object = pbmc) +
  geom_scPoint2(aes(color = seurat_annotations,
                    cluster = seurat_annotations))

换个主题:

ggscplot(object = pbmc) +
  geom_scPoint2(aes(color = seurat_annotations,
                    cluster = seurat_annotations),
                show.legend = F) +
  theme_sc()

加个新图例,你需要映射 cluster 和 cluster_anno, 代表你的亚群名称 和 亚群编号 的数据:

ggscplot(object = pbmc) +
  geom_scPoint2(aes(color = seurat_annotations,
                    cluster = seurat_annotations,
                    cluster_anno = seurat_clusters),
                show.legend = F,
                add_label = F,
                add_legend = T) +
  theme_sc(r = 0.3)

如果你不知道你数据是哪些,你可以这样查看:

head(ggscplot(object = pbmc)$data,3)
#                     Dim1      Dim2        ident orig.ident nCount_RNA nFeature_RNA seurat_annotations percent.mt RNA_snn_res.0.5
# AAACATACAACCAC -4.232792 -4.152139 Memory CD4 T     pbmc3k       2419          779       Memory CD4 T  3.0177759               1
# AAACATTGAGCTAC -4.892886 10.985685            B     pbmc3k       4903         1352                  B  3.7935958               3
# AAACATTGATCAGC -5.508639 -7.211088 Memory CD4 T     pbmc3k       3147         1129       Memory CD4 T  0.8897363               1
#                seurat_clusters           cell
# AAACATACAACCAC               1 AAACATACAACCAC
# AAACATTGAGCTAC               3 AAACATTGAGCTAC
# AAACATTGATCAGC               1 AAACATTGATCAGC

调整一下位置:

ggscplot(object = pbmc) +
  geom_scPoint2(aes(color = seurat_annotations,
                    cluster = seurat_annotations,
                    cluster_anno = seurat_clusters),
                show.legend = F,
                add_label = F,
                add_legend = T,
                lgd_x = 1.2) +
  theme_sc(r = 0.3)

多列也可以:

ggscplot(object = pbmc,b = 0.35) +
  geom_scPoint2(aes(color = seurat_annotations,
                    cluster = seurat_annotations,
                    cluster_anno = seurat_clusters),
                show.legend = F,
                add_label = F,
                add_legend = T,
                lgd_x = 0.5,ncol = 3,lgd_y = -0.25) +
  theme_sc(b = 0.35)

当然还有其它参数来进行细节的调整,间隔,点大小,标签大小,字体等等:

#' @param label.gp A list of graphical parameters for labels (optional).
#' @param add_label Should labels be added to the points (default is TRUE).
#' @param add_legend Should a new legend be added (default is FALSE).
#' @param ncol Number of columns in the legend (default is 1).
#' @param vgap Vertical gap between legend items (default is 0.5).
#' @param hgap Horizontal gap between legend items (default is 1).
#' @param point.size Size of legend points (default is 2).
#' @param point.label.size Size of legend point labels (default is 10).
#' @param point.label.col Color of legend point labels (default is "black").
#' @param lgd_x X-position of the legend (default is 1.05).
#' @param lgd_y Y-position of the legend (default is 0.5).
#' @param lgd_width Width of the legend (default is 0.1).
#' @param lgd_height Height of the legend (default is 0.9).

4结尾

路漫漫其修远兮,吾将上下而求索。

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