引言

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网上关于 桑基图+富集分析 这样的组合图教程还是有很多的，但对于大家去使用出图还是比较麻烦的。搞成一个函数还是会方便很多，加一些参数稍微调整一下就很不错。这里写个 sankeyGoPlot 函数来做这样的事情，还是比较简单的。
安装

install.packages(“devtools”)

devtools::install_github(“junjunlab/GseaVis”)
使用介绍

首先做个富集分析：

load test data

data(geneList, package=”DOSE”)

check

head(geneList)

4312 8318 10874 55143 55388 991

4.572613 4.514594 4.418218 4.144075 3.876258 3.677857

ego <- enrichGO(gene = names(geneList),
OrgDb = org.Hs.eg.db,
keyType = “ENTREZID”,
ont = “BP”,
pvalueCutoff = 0.05,
readable = T)

get top 10 terms for visualization

ego_df <- data.frame(ego) %>% head(10)
绘图，默认取每条通路前 5 的基因进行展示：
sankeyGoPlot(goData = ego_df)

关于对齐的问题可以用下面参数调整到满意为止，其它参数比如修改颜色什么的可以看函数文档：
sankeyGoPlot(goData = ego_df,
downShift = 6.5,upShift = 1,
sankeyExpand = c(0.5,1))

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后面讲一下这个 term_ratio 是怎么算的，就是富集到这个通路的基因数量比上该通路所有基因的数量。

结尾

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路漫漫其修远兮,吾将上下而求索。
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