enrichCluster 关于非模式物种富集分析的使用

引言

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其实 enrichCluster 既可以针对于模式物种进行富集分析，当然也是可以针对非模式物种的，不过使用者们针对非模式物种时，往往会报错。这里做一个示例说明，演示如何对非模式物种进行分析。
提供自己的 orgdb 文件

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假如你已经有了自己构建好的 orgdb 文件，只需要设置一下 id.trans/toType/readable 几个参数即可：
enrich <- enrichCluster(object = cm,
OrgDb = org.myorg.eg.db,
type = “BP”,
id.trans = F,
toType = “GID”,
readable = F,
pvalueCutoff = 0.5,
topn = 5)
提供 gene-term-name 文件

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你也可以用 基因-通路 id 和 基因-通路名称 这两个文件来进行富集分析，可以参考 enrichr 函数 需要准备的文件格式：
enrich <- enrichCluster(object = cm,
type = “ownSet”,
id.trans = F,
TERM2GENE = ko2gene,
TERM2NAME = ko2name,
pvalueCutoff = 0.5,
topn = 5)
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上面对于非模式物种就可以顺利运行了。
结尾

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路漫漫其修远兮,吾将上下而求索。
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