引言

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粉丝觉得 fgsea 画的图不好看，于是自己构建了 gsearesult 格式的对象，但是传入 gseaNb 画图报错。不排除他构建的对象是存在问题的，这里我给个解决方案。之前写过 听说你只有富集表格还想画 GSEA 图? ，介绍如何把富集表格转为 gseaResult 对象，fgsea 输出结果也是一个表格，那么就可以使用这个方法。
尝试

首先自己下载基因集合，这我们新加了一个 GO ID 到通路名称前面，后面需要用到：
library(fgsea)
library(msigdbr)

load test data

data(geneList, package=”DOSE”)

msigdb.hs <- msigdbr(species = “Homo sapiens”, category = “C5”, subcategory = “BP”) %>%
mutate(id = paste(gs_exact_source,gs_name,sep = “|”))

然后构建通路列表：
pathway_list <- msigdb.hs %>%
select(id, entrez_gene) %>%
as.data.frame() %>%
split(., .$id) %>%
lapply(., function(x)(x$entrez_gene))

check

head(pathway_list,1)

$GO:0000002|GOBP_MITOCHONDRIAL_GENOME_MAINTENANCE

[1] 10000 10000 1763 2021 201163 3980 9361 4205 92667 4358 4976 142 80119 11232

[15] 11232 10891 201973 83667 83667 84275 55186 291 219736 7156 7156 7157 1890

跑 fgsea 分析，得到富集表格：
fgseaRes0 <- fgsea(pathways = pathway_list,
stats = geneList,
minSize = 15,
maxSize = 500)

处理一下表格，使其类似于 gseGO/gseKEGG 输出类似的东西：
fgseaRes <- fgseaRes0 %>%
tidyr::separate_wider_delim(pathway,delim = “|”,names = c(“ID”,”Description”)) %>%
rowwise() %>%
mutate(leadingEdge =paste0(unlist(leadingEdge),collapse = “/”))

enrich_df <- data.frame(ID = fgseaRes$ID,
Description = fgseaRes$Description,
setSize = fgseaRes$size,
enrichmentScore = fgseaRes$ES,
NES = fgseaRes$NES,
pvalue = fgseaRes$pval,
p.adjust = fgseaRes$padj,
core_enrichment = fgseaRes$leadingEdge)

rownames(enrich_df) <- enrich_df$ID

然后就可以转换了，顺便把 ID 转换一下：
en <- GseaVis::dfGO2gseaResult(enrich.df = enrich_df,
geneList = geneList,
OrgDb = org.Hs.eg.db)

class(en)

[1] “gseaResult”

attr(,”package”)

[1] “DOSE”

en <- setReadable(x = en,OrgDb = org.Hs.eg.db,keyType = “ENTREZID”)

画图看看：
enrichplot::gseaplot2(x = en,geneSetID = enrich_df$ID[1])

gseaNb 画个看看：
gseaNb(object = en,geneSetID = enrich_df$ID[1])

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OK，问题不大。
结尾

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路漫漫其修远兮,吾将上下而求索。
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