BAM/SAM文件读取软件

引言


SAM/BAM 是生物信息里面常见的格式,是有比对软件生成的输出文件。我们看看有哪些软件可以操作这些文件。
软件

samtools


最经典的就是 samtools 软件,在 linux 里面可以对 SAM/BAM 文件进行各种操作。也是用的最多的一个。
pysam


在 python 中,pysam 则是用的比较频繁的软件,支持解析 SAM/BAM 文件。但是只能在 linux 系统里安装,windows 系统是不支持的,即使你用的是 windows 的 wsl 子系统,也依然不可以。
Rsamtools


在 R 语言里,你可以使用 Rsamtools 包来对SAM/BAM 文件进行读取和操作。
XAM


julia 语言中,有个 XAM 包可以对SAM/BAM 文件进行读取和操作,在 windows 和 linux 系统里都可以使用。之前我也写过推文介绍过 XAM 包处理 sam 和 bam 文件。
结尾


路漫漫其修远兮,吾将上下而求索。
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