Ribo-seq 核糖体去除新方法？

引言

❝
2024 年 8 月 26 日，Nature Communications 上发表了一篇文章 Calibrated ribosome profiling assesses the dynamics of ribosomal flux on transcripts。本文讨论了核糖体测序法在研究细胞蛋白质合成动力学中面临的挑战和技术改进。主要解决的问题包括测序文库中大量的核糖体 RNA（rRNA）片段污染以及全局翻译变化的准确定量难题。为克服这些问题，作者开发了两种关键技术：Ribo-FilterOut 和 Ribo-Calibration。Ribo-FilterOut 利用超滤分离核糖体足迹与大小亚基，大幅降低了 rRNA 污染。Ribo-Calibration 采用体外翻译系统制备的定量摩尔比的核糖体-mRNA 复合物作为内标，可评估转录本上的核糖体数量并测量全局翻译变化。

主要结果

超滤 + RiboZero 联合使用去除 rRNA 污染：

Ribo-Calibration

结论

作者开发了两种新技术来解决传统核糖体测序方法存在的问题,包括:
❝
Ribo-FilterOut 利用超滤分离核糖体足迹和核糖体亚基,大幅减少了核糖体 RNA 碎片的污染。
Ribo-Calibration 使用体外翻译系统制备的已知浓度的 mRNA-核糖体复合物作为内标,可以准确量化转录本上的核糖体数量和全局翻译水平的变化。
利用这些新技术,作者研究了细胞在热休克应激和恢复过程中的翻译动态变化。
❝
热休克导致全局翻译水平下降,但热休克蛋白的翻译并未增加,主要是通过转录诱导实现表达。
一些含有 uORF 的 mRNA 在热休克下反而翻译增加,而另一些则相对保持不变。
作者还将这些方法应用于不同细胞类型和老龄小鼠大脑组织,发现了细胞间和组织间存在显著的转录本翻译水平差异。
❝
不同细胞类型在定义其功能的特定基因上表现出高翻译水平。
细胞间基础翻译水平的差异也影响了细胞的增殖速率。
尽管这些新方法在很大程度上克服了传统核糖体测序的局限性,但仍存在一些局限性,需要进一步改进。
❝
可能会过高估计转录本上的核糖体数量,需要谨慎解释,特别是针对个别 mRNA。
目前还没有其他方法可以验证测量的翻译周期时间,需要开发新的策略。
结尾

❝
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索。
欢迎加入生信交流群。加我微信我也拉你进 微信群聊 老俊俊生信交流群 (微信交流群需收取 20 元入群费用,一旦交费,拒不退还!(防止骗子和便于管理)) 。QQ 群可免费加入, 记得进群按格式修改备注哦。