BSgenomeForge 一行代码轻松构建 BSgenome package

1前言

我后悔我失去的,我接受这样的结果,但我也不放弃再次去抓住这失去的,因为我不后悔。

2引言

以前想要自己构建一个特定基因组的 BSgenome 包是非常麻烦的,前提是 Bioconductor 上面没有你想要的物种。BSgenomeForge 包则大大简化了这个构建的过程,一行代码可以让你轻松构建。

主要包括两个函数, forgeBSgenomeDataPkgFromNCBI 函数构建 NCBI 数据库的基因组,forgeBSgenomeDataPkgFromUCSC 函数构建 UCSC 数据框的基因组。

3安装

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("BSgenomeForge")

4介绍

forgeBSgenomeDataPkgFromNCBI

指定基因组编号和物种即可:

forgeBSgenomeDataPkgFromNCBI(assembly_accession="GCA_009729545.1",
                             organism="Acidianus infernus",
                             pkg_maintainer="Jane Doe <janedoe@gmail.com>")

forgeBSgenomeDataPkgFromUCSC

也是类似的:

forgeBSgenomeDataPkgFromUCSC(
    genome="wuhCor1",
    organism="Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2",
    pkg_maintainer="Jane Doe <janedoe@gmail.com>"
)

安装包

构建好后,最后一步就是去安装:

R CMD build <pkgdir>
R CMD check <tarball>
R CMD INSTALL <tarball>

或者使用 R 代码:

devtools::build("./BSgenome.Ainfernus.NCBI.ASM972954v1")
## ── R CMD build ─────────────────────────────────────────────────────────────────
## * checking for file ‘/tmp/RtmpontU02/Rbuild923a51859e0a9/BSgenomeForge/vignettes/BSgenome.Ainfernus.NCBI.ASM972954v1/DESCRIPTION’ ... OK
## * preparing ‘BSgenome.Ainfernus.NCBI.ASM972954v1’:
## * checking DESCRIPTION meta-information ... OK
## * checking for LF line-endings in source and make files and shell scripts
## * checking for empty or unneeded directories
## * building ‘BSgenome.Ainfernus.NCBI.ASM972954v1_1.0.0.tar.gz’

devtools::check_built("BSgenome.Ainfernus.NCBI.ASM972954v1_1.0.0.tar.gz")
devtools::install_local("BSgenome.Ainfernus.NCBI.ASM972954v1_1.0.0.tar.gz")

5结尾

路漫漫其修远兮,吾将上下而求索。

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