经验教程
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跟着Bioinformatics学数据分析:StainedGlass可视化展示基因组水平上的tandem repeat
论文 StainedGlass: interactive visualization of massive tandem repeat structures with identi…
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跟着Nature Genetics学作图：R语言ggplot2频率分布图展示TE的identity
论文 High-quality de novo assembly of the apple genome and methylome dynamics of early fruit…
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跟着Nature学作图：R语言ggplot2作图展示基因和转座子的相对位置
论文 The structure, function and evolution of a complete human chromosome 8 今天的推文我们模仿一下论文中fi…
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跟着Nature microbiology学作图:R语言ggplot2堆积柱形图柱子单独配色/多个图例排序
论文 A high-quality genome compendium of the human gut microbiome of Inner Mongolians 2023Na…
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跟着Nature microbiology学作图：R语言ggplot2堆积柱形图以及拼图
论文 A high-quality genome compendium of the human gut microbiome of Inner Mongolians 2023Na…
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跟着Nature Genetics学数据分析：nucmer+lastz+svum流程全基因组比对鉴定CNV
论文 Super-pangenome analyses highlight genomic diversity and structural variation across wi…
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跟着Nature学数据分析：minimap2+bcftools基于全基因组比对鉴定SNP
论文 Cycles of satellite and transposon evolution in Arabidopsis centromeres 代码链接 论文中有一部分内容是…
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转座子分类软件deepTE使用中遇到的报错
deepTE的github主页 单独新建一个虚拟环境 安装3.6的python 然后安装指定的依赖python模块，这里python模块使用pip安装 然后使用conda安装hmm…
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RepeatModeler RepeatMasker做基因组重复序列注释未分类过多的问题
我做的是植物，首先是使用RepeatModeler构建自己物种的重复序列数据库 这一步生成的AAA-families.fa 文件里有很多Unknown 然后是用RepeatMask…
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跟着Nature microbiology学作图：R语言做Wilcoxon秩和检验并用箱线图展示结果
论文 A high-quality genome compendium of the human gut microbiome of Inner Mongolians 论文中大部分…
