老俊俊的生信笔记
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facet_sub 为 ggplot2 添加子图
引言 ❝构建一个 facet_sub, 类似于分面的效果, 给 ggplot2 添加一个 panel, 里面可以插入任何你想插入的图形, 但得是 grob 对象。安装 instal…
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单细胞小提琴图添加注释标明细胞类型
引言 来自粉丝的提问: ❝对于一些低表达的基因, 小提琴图展示的时候可能无法看清图形的特征,比如颜色等,像下面这种: ❝你可以在周围加上一个颜色块来表明该位置是什么特征。尝试 我们…
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蛋白序列无序区预测
引言 ❝固有无序区 (intrinsically disordered regions, IDRs) 一般可以形成液液相分离来发挥生物学功能。一般认为,氨基酸的序列决定蛋白质的结构…
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蛋白功能结构域查询
引言 ❝分享三个蛋白功能结构域查询的在线网址。查询 首先获取对应基因的蛋白质序列, 可以去 NCBI 网址获取: prosite 网址:https://prosite.expasy…
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circRNA 芯片数据分析
引言 ❝大规模检测 circRNA 的方式有芯片测序和二代高通量测序, 芯片测序的原理是针对已知的 反向可变剪接位点 来设计好探针, 然后进行检测, 而二代测序则是对细胞内产生的所…
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用 rust 写个碱基序列反向互补的函数
1引言本文使用 chatGPT 提供一些 rust 语言来编写来获取碱基反向互补序列的函数。 基因组序列里面不完全是大写的碱基序列,还存在很多小写的序列, 所以我们需要考虑这个问题…
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homer 结果可视化还用愁?
引言 ❝homer 软件输出的结果也是和 meme 一样的网页版结果, 对于科研工作者来说, 一副好看且质量高的图才能放进文章里, 网页结果截图就有点 low 了。我写了个 Jun…
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monaLisa: motif 富集分析
引言 ❝一般我们对得到的 peaks 文件根据研究目的也许会进行 motif 分析, 来揭示目的蛋白所结合的序列特征。常见的软件有 homer, meme。这次我们使用 monaL…
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rgt-hint 转录因子预测结果可视化(续)
引言 ❝上次推文 rgt-hint 转录因子预测结果可视化 留下个问题, 就是绘制 footprint 曲线时,无法把下面的 motif 绘制出来, 因为软件没有输出类似的位置权重…
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rgt-hint 转录因子预测结果可视化
引言 ❝这里主要对 rgt 预测差异转录因子的输出结果进行重新绘图。 Lineplots 结果是具体预测的 motif 在全基因组上的 footprint 结合信息, 差异的结果则…