老俊俊的生信笔记
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二零二一年十月三十日晚
我怀念的 暖暖的阳光洒向青石板 明晃晃的阳光,美得温柔又热烈 春夏密语乘着风儿飘向那未知的远方 分别 二零二一年十月三十日晚 依稀记得这晚的脚有点疼 今晚一个人去打了…
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桑基图加富集图一行代码出图?
引言 ❝网上关于 桑基图+富集分析 这样的组合图教程还是有很多的,但对于大家去使用出图还是比较麻烦的。搞成一个函数还是会方便很多,加一些参数稍微调整一下就很不错。这里写个 sank…
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GEO 上传数据最新教程
❝前年写的 上传二代测序数据到 GEO 数据库 教程,现在 GEO 又做了一些更新,这次再补充一些不一样的信息。需要上传数据到 GEO 的,大家可以了解一下。进入 ❝首先你需要一个…
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试试 bulkRNA 做拟时序分析?
引言 ❝最近看到一篇推文 普通的 Bulk 转录组也能做“拟时序”分析吗? 。觉得挺有意思,已经有三篇文献作为 bulk 拟时序的分析参考来源,去看看最初的文献思路方法如下: 什么…
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ClusterGVis 使用自己的基因集富集分析
分享是一种态度 1引言 有小伙伴在对 clusterData 聚类后的亚群,使用 enrichCluster 来做富集分析时,想用自己的基因集来分析,但…
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ClusterGVis 绘制 lineplot 的优化
引言 ❝github 上收到了来自粉丝的建议,觉得是可以改进的,这里就简单记录一下。 ❝粉丝的问题就是线条排列的顺序按照 membership 来排列,不然会显得比较凌乱。安装 改…
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RNAseqQC 给你的数据来个全面的 QC 检查
引言 ❝分享个新鲜出炉的 R 包,RNAseqQC 可以给你的 counts 数据做个全面的质量评估,非常简单,基本上一行代码就可出图。 参考文档:https://cran.r-p…
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如何 Pull Request 到 github 贡献你的代码
github 是一个免费开源的项目, 许多优秀的软件优先部署在上面, 作者也可以方便及时的做出更新,版本变化及更改。对于软件的使用者可以在上面提出遇到的问题,软件的缺点及改进建议。…
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富集分析流星图?
引言 ❝浅浅画个富集流星图?plot now 富集分析:library(clusterProfiler)library(dplyr) data(geneList, package=…
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关于 footprint 可视化总结
引言 之前关于下面这两篇的文章:rgt-hint 转录因子预测结果可视化rgt-hint 转录因子预测结果可视化(续)❝在这里做一个总结, 把繁琐的地方和代码整理打包成函数, 方便…