老俊俊的生信笔记
-
提取最长转录本信息+exon 序列+CDS 序列+氨基酸序列
引言 ❝介绍一下如何提取最长转录本的信息,转录本序列,CDS 区编码序列及氨基酸序列。python 语言编写,用 R 语言做个接口,方便使用。安装 install.packages…
-
检测 Ribo-SEQ 中的 offset
引言 ❝Riboseq 数据分析一般会涉及到 reads 的 offset。我们知道 Riboseq 的测序原理是对核糖体保护的片段进行测序,这样的片段一般在 30nt 左右。转录…
-
BAM/SAM文件读取软件
引言 ❝SAM/BAM 是生物信息里面常见的格式,是有比对软件生成的输出文件。我们看看有哪些软件可以操作这些文件。软件 samtools ❝最经典的就是 samtools 软件,在…
-
ribo-seq 计算 polarity score
引言 ❝polarity score 可以鉴别核糖体在基因上的翻译差别。下面是计算原则: 原文: 相关图: ❝我来解释一下,pi 代表基因每个位置的 polarity score,…
-
你心里的好朋友是什么样的?
❝什么样的人才算的上好朋友呢?像古惑仔里面那种为兄弟两肋插刀的吗?现实中,只有永远的利益,没有永远的朋友。人的一生中,放眼望去,总会多多少少有朋友,或志同道合的人,或志趣相投的,或…
-
听说你想把 fgsea 结果用 GseaVis 美化?
引言 ❝粉丝觉得 fgsea 画的图不好看,于是自己构建了 gsearesult 格式的对象,但是传入 gseaNb 画图报错。不排除他构建的对象是存在问题的,这里我给个解决方案。…
-
GSEA 还可以环形可视化?
引言 ❝借助 circlize 把多个 GSEA 富集通路使用环形图进行展示,circGsea 函数封装在 GseaVis中。安装 install.packages(“…
-
送你一个环形富集分析图
引言 ❝好久没用 circlize 了,都忘记怎么用了。今天画个环形富集分析图。网上教程也多,开动自己的脑筋和创意画一个。富集分析 首先获得富集结果:library(ggplot2…
-
听说你想画个月亮富集图?
引言 ❝尝试一下这个富集分析图形,由两种条件下的富集结果组成,由两个半圆形表示两组数据: 测试 先来个测试数据:library(ggplot2)library(org.Hs.eg.…
-
enrichCluster 关于非模式物种富集分析的使用
引言 ❝其实 enrichCluster 既可以针对于模式物种进行富集分析,当然也是可以针对非模式物种的,不过使用者们针对非模式物种时,往往会报错。这里做一个示例说明,演示如何对非…