小明的数据分析笔记本
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跟着NatureGenetics学作图:R语言ggplot2柱形图/饼图/箱线图展示柑橘泛基因家族分析的结果
论文 Pangenome analysis provides insight into the evolution of the orange subfamily and a ke…
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卖核桃:买核桃送公众号所有关于R语言做数据可视化的代码和示例数据并提供答疑服务
我老家在河北遵化,听地名大家可能不太熟悉,但是说 慈禧 大家可能知道,慈禧死后埋在了清东陵,最后被孙殿英盗墓的地方就在遵化。之前看《明朝那些事儿》,里面也写到了…
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R语言ggplot2画柱形图展示GO富集分析结果—给坐标轴文本添加框线
有朋友问到这个GO富集分析的柱形图坐标轴文本的框线是怎么实现的。我目前的思路是用geom_text()函数添加文本代替原来的坐标轴文本,然后用geom_rect()函数添加矩形框线…
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R语言ggplot2绘制曼哈顿图展示GWAS分析的结果
之前分享过一篇推文介绍过这个内容 R语言ggplot2包画曼哈顿图的一个简单小例子,但是当时自己不太懂曼哈顿图,实现是直接借助ggplot2的geom_jitter()这个函数实现…
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跟着Nature Communications学作图:R语言ggplot2箱线图/抖动散点图展示多物种基因组大小和TE含量
论文 Large-scale genome sequencing of mycorrhizal fungi provides insights into the early evo…
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跟着Science学数据分析:利用三代测序数据(PacBio)鉴定结构变异
论文 De novo assembly, annotation, and comparative analysis of 26 diverse maize genomes 玉米sc…
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跟着Nature protocols学数据分析:使用R包peer计算confounding factors用于eQTL分析
Nature protocols论文 Using probabilistic estimation of expression residuals (PEER) to obtain…
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跟着Nature Genetics学数据分析:两套单倍型与参考基因组进行比对检测变异然后结果合并
论文 Pangenome-based genome inference allows efficient and accurate genotyping across a wide…
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跟着Nature学数据分析:R语言peer包处理RNAseq分析的批次效应
论文 Graph pangenome captures missing heritability and empowers tomato breeding 西红柿Nature.pd…
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跟着Science学数据分析:二倍体基因组如果组装成两套单倍型基因组如何检测结构变异
论文 Haplotype-resolved diverse human genomes and integrated analysis of structural variatio…