小明的数据分析笔记本
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跟着Plos Genetics学数据分析:LTRpred流程注释完整的LTR(2)运行示例数据
论文 Transposon dynamics in the emerging oilseed crop Thlaspi arvensehttps://doi.org/10.1371…
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结合深度学习和隐马尔可夫模型的真核生物基因组基因注释工具Helixer
Helixer–_de novo_ Prediction of Primary Eukaryotic Gene Models Combining Deep Learning and…
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R语言packcircles包画圆堆图(circle packing chart)展示美国不同年龄段在情人节送的礼物的不同
这个圆堆图(circle packing chart)之前有人问过,但是当时也不知道是如何实现的。今天看到一个很有意思的数据可视化案例:画圆堆图展示美国不同年龄段在情人节送的礼物的…
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python脚本根据抗病基因ID和所有基因的bed文件鉴定抗病基因簇
植物里的抗病基因更倾向于成簇存在,分析抗病基因家族通常也会分析成簇存在的或者单个存在的抗病基因的比例,之前想自己写脚本统计这个数据,但是怎么写代码一直没有想明白,最近看论文 Var…
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R语言包regioneR可以用来统计检验两个基因组特征是否相关
看到这个R包的论文Variation in abundance of predicted resistance genes in the Brassica oleracea pan…
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跟着Plos Genetics学数据分析:LTRpred流程注释完整的LTR(1)安装篇
Transposon dynamics in the emerging oilseed crop Thlaspi arvense 论文的内容基本都是在围绕着转座子相关 论…
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如何使用R语言ggtree包在进化树上标记自己取样测序的样本
随着三代测序技术的发展和测序成本的下降,现在基于三代测序数据组装基因组做泛基因组的研究越来越多。虽然测序成本降低了许多,但也是相对于之前,做大规模的测序组装的费用也是非常昂贵的,现…
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跟着Nature学作图:R语言ggplot2+ggtree树图组合热图
论文 Genome evolution and diversity of wild and cultivated potatoes 今天的推文复现一下论文中的figure3c 主要…
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使用iqtree软件利用基因存在缺失变异矩阵(0/1)矩阵构建进化树
线性泛基因组相关论文通常会获得基因存在缺失变异矩阵,接下来会使用这个矩阵构建进化树,今天的推文介绍一下使用iqtree软件利用基因存在缺失变异矩阵(0/1)矩阵构建进化树的代码 i…
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答读者问:关于R语言ggplot2做花瓣图的几个问题
有读者在公众号留言问到之前在公众号分享的R语言ggplot做花瓣图的代码相关问题,首先非常感谢这位读者能够这么认真的看我分享的内容,今天的推文主要回答一下这几个问题 先回答第二个问…