老俊俊的生信笔记
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ggcirclize 绘制标签和连接
1引言 主要讲讲 geom_trackgenomiclabel 和 geom_trackgenomiclink。 2geom_trackgenomic…
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ggcirclize 绘制基因组数据初探
1引言 相信大家见到的大部分环形图形有很多都是关于基因组的数据。ggcirclize 前面除了绘制一些 ggplot2 的基础图层和分面布局,对于基因组数据的支持也是必不…
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rust 读取基因组文件并保存为哈希
1引言 我们尝试 使用 rust 来读取基因组文件 并 保存到哈希数据结构 里面。 2代码 这是参照 chatgpt 的代码,测试是可以看到…
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Nested Zooming: 嵌套放大
1引言 在 circlize 参考文档中,作者有一部分介绍了 nested zooming 的部分,主要来放大展示一些区域的具体图形,在数据…
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arcpolygon 画掰弯的图形
1引言 想象一下直角坐标系下的一些图形在以从(0,0)为圆形掰弯后长什么样?好像不太好想象。ggplot 图里面有个 geom_polygon 来根据一些 xy…
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从 grid 到 ggplot 的跃迁
1引言 grid 绘图系统提供了很多基础的图形元素,能够绘制很多复杂的图形,但是弊端就是操作繁琐且复杂,基于 grid 系统升级封装的 ggplot2 则大大简化了图形绘制的繁琐,…
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如何绘制环形图片
1引言 我们大部分看到的图片一般是水平或者竖直的,我们看看如何在 R 里面绘制弧形的图片。 我们读取图片以后会转化为一个颜色矩阵,也就是每个矩阵位置代表一个像素点,然后再把这些像素…
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环形坐标轴研究
1引言 之前写的比较简单,后面画图才陆续暴露出一些问题。比如对应的刻度如何准确对应到自定义的范围里面, 如何完美显示刻度标签 (借鉴 grid.pre…
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如何标注部分标签避免重叠并优化优雅的写成 grob?
1引言 在绘制分类数据较多的时候,不可避免的会出现大量重叠的样本名称,一个常见的情况就是绘制基因表达热图的时候基因多了,标记基因名就会重叠看不清,此外如果标记一部分基因名,&nbs…
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圈圈补充
1引言 分享一些七七八八写的东西。想的多了,有些事情可能就不会那么顺利了。先写一些基础的简单环形图形元素,方便调用,写个循环就能画一些复杂的东西了。 2七七八八 arcRectGr…