老俊俊的生信笔记
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画一些圈圈
1引言 跟着着大佬们的脚步,不断学习进步。环形图已经有好些包和软件了,比如顾大佬的 circlize,还有一个Rcircos 包。其实自己也想学习一下这些图形开…
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grid 进阶: 构建自己的 grob 对象
1引言 当你熟练使用 grid 的基础函数绘制一些简单的图形以后,也许你可能需要创建一些稍微高级一些的复杂图形方便像 grid.(rect/point…
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ChIP-seq 绘图设计<<续>>
1引言 接着上一次 ChIP-seq 绘图设计, 我们设计了一个布局,说要往里面填充图形, 考虑到每个图形间可能需要一点的间距, 其实我已经写好了,但是间距这个东西不太好调,于是考…
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ChIP-seq 绘图设计
1引言 在前面我们可以使用软件对结果(python deeptools)进行可视化,也可以使用 R 包 EnrichedHeatmap, 后面还写了一个 ggChIPvis 使用 …
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grobWidth/grobHeight 获取 grid 对象的大小
1引言 有时候你在用 grid 作图时,绘制多个图形时并不好每次去计算每个图形的精确位置,比如你要拼接两个 panel 时需要算一下具体的坐标, 你还可以用 grobWi…
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ggChIPvis 可视化基因组富集信号
1引言 这段时间一直在折腾这个东西,也是为了填补之前的两个坑 deeptools 结果重新绘图 和 ChIP-seq 可视化探索, 第二部分推文末尾简单展示了如何提取数据然后使用g…
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ChIP-seq 可视化探索
1引言 Deeptools 是目前比较流行的可视化软件,除此之外还有一款 R 包 EnrichedHeatmap, 不过感觉用的人似乎并不多,之前我也介绍过,这…
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自定义基因集 GseaVis 绘图
1引言 使用 GSEA 函数与自定义的 gmt 文件做富集分析, GseaVis 也是可以出图的。此外,之前有小伙伴说 中间热图的…
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批量下载 starbase 数据
1引言 startbase 是中山大学提供的一个关于 RNA 互作, RBP-RNA 互作的数据库,内容丰富,并且收集了很多 实验验证&nb…
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听说你想在 python 中对 kegg 可视化?
1引言 分享一个python软件 pykegg ,在python里对kegg进行可视化。 2安装 在线文档: 3介绍 主要分为五个可视化部分: 看看图: 具体使…